专家决策委员会：

对孵化管理部申报的企业进行综合考评，就孵化管理部提交的入孵申请。商业计划、企业目标进行讨论，确定可以被腐化项目，审批孵化器的预算，检测被孵化企业进展，同事决定终止对失败企业的孵化进程等。

孵化管理部：

孵化管理部采用孵化项目经理负责制。孵化项目经理由具备商务以及企业管理经验的专业人、员担任，主要工作任务包括：筛选项目，考察评估，接受入孵。在三年的孵化期内，向被孵企业提供经营管理等方面的帮助，协助被孵化企业制定平衡计分卡，细化各项考评指标。

综合管理部：

为在孵企业提供全程专业服务。其中包括：协助企业办理工商注册手续、申报各类专项基金、财税服务、入孵企业考核。

投资研究部：

投资项目发掘，筛选，评估，尽职调差。根据企业经营发展情况，总结成功企业和失败企业特征，提交汇总报告。负责国民孵化器自身研究和专项资金申报。支持与其他风投基金有关的投资合作交流，及国内外合作交流平台。

系统部：

系统部主要负责孵化器的网站维护建设和内网系统建设。通过快捷的网络资源为孵化企业提供强大的信息技术资源平台。通过信息资源共享库帮助企业交流、学习、推广、合作。协助孵化器和在孵企业排除计算机软、硬件故障。

物业部：

场地租凭管理、日常物业管理。在每个细节处为孵化企业提供温馨、真诚的服务。